CFDT Interco 12

Nouvelle réglementation sur le report et l'indemnisation des congés annuels dans la fonction publique territoriale

Arnaud Villefranque — 2025-08-07T09:05:03Z

Depuis le 23 juin 2025, le décret n°2025-564 est entré en vigueur pour harmoniser la gestion des congés annuels des agents publics territoriaux avec le droit européen, offrant de nouvelles garanties et règles, détaillées ci-dessous avec références aux textes :

Report des congés annuels pour cause de maladie

L'article 5-1 du décret n°85-1250 du 26 novembre 1985, créé par le décret n°2025-564, prévoit désormais le droit au report des congés annuels non pris suite à un congé pour raison de santé (congé maladie ordinaire – CMO, congé longue maladie – CLM, grave maladie – CGM, longue durée – CLD, accident du travail – CITIS).

Pour en Savoir plus sur les différents types de congés pour raison de santé

Durée du report : 15 mois à compter de la reprise des fonctions, prolongeable sur autorisation exceptionnelle de l'autorité territoriale.
Limite : Le report est limité aux droits acquis sur les 4 premières semaines de congé annuel par année de référence.

Report des congés suite à un congé parental ou familial

Conformément à l'article 36 de la loi n°2024-364 du 22 avril 2024 (introduit dans le CGFP) et à l'article 5-1 modifié du décret n°85-1250 :

Agents concernés : congé de maternité, paternité et accueil de l'enfant, adoption, naissance, présence parentale, proche aidant, solidarité familiale.
Sans limitation de durée : Ici, tous les congés acquis avant le départ peuvent être reportés (pas de limite des 4 semaines).
Durée : 15 mois à compter de la reprise, prolongeable sur autorisation exceptionnelle, et au plus tard à la fin de l'année au titre de laquelle le droit à congé est né.

Indemnisation des congés non pris à la fin de la relation de travail

L'article 5-2 du décret n°85-1250 (créé par le décret 2025-564) instaure le droit à indemnisation :

Conditions : lorsque le fonctionnaire n'a pu prendre ses congés avant la cessation d'activité pour maladie ou absence familiale/parentale, sur les motifs couverts par l'article 5-1.
Sont visées les fins de contrat pour retraite, mutation, radiation, etc.
Calcul (arrêté du 21 juin 2025) :

La rémunération de référence comprend : traitement indiciaire, indemnité de résidence, supplément familial, IFSE, NBI, CTI. Sont exclus : CIA, primes exceptionnelles, indemnités liées à l'organisation du travail, heures supplémentaires, primes de fin d'année, avantages en nature, etc.
Cas des agents contractuels : Le même régime s'étend désormais à eux (décret n°88-145, art.5 modifié). Les anciennes modalités spécifiques sont supprimées, l'indemnité est soumise aux mêmes retenues que la rémunération habituelle de l'agent.

Modalités d'application et transition :

Entrée en vigueur : Décret et arrêté applicables à compter du 23 juin 2025.
Disposition transitoire (art.11 du décret n°2025-564) : Pour les congés dus à une absence parentale/familiale, la règle couvre toute situation où le report était possible pour une absence dont l'échéance est postérieure au 24 avril 2024.

Ce nouveau cadre sécurise les droits des agents face à l'impossibilité de prendre leur repos annuel, tout en alignant la réglementation nationale sur la jurisprudence européenne.

Textes de référence :

Qu'est-ce-que le Congé pour Invalidité Temporaire Imputable au Service (CITIS) ?

Arnaud Villefranque — 2025-04-24T14:25:41Z

Le Congé pour Invalidité Temporaire Imputable au Service (CITIS) est un dispositif permettant à un fonctionnaire territorial (titulaire ou stagiaire affilié à la CNRACL) en incapacité temporaire de travailler suite à un accident ou une maladie lié au service de bénéficier d'un congé spécifique avec maintien de droits.

Les Objectifs du CITIS :

Protéger le fonctionnaire en cas d'accident ou de maladie imputable au service.
Garantir le maintien du traitement et la prise en charge des frais médicaux.
Assurer un retour à l'emploi adapté ou une sortie du dispositif (retraite, licenciement).

La vidéo ci-dessous présente le CITIS en 4 minutes :

Qu'est-ce-que le Congé pour Invalidité Temporaire Imputable au Service (CITIS)
par CFDT Interco Aveyron

https://www.youtube.com/watch?v=atCRhRfvtg4

Voir en ligne : Voir l'explication détaillée du Congé pour Invalidité Temporaire Imputable au Service (CITIS)

Le Congé pour Invalidité Temporaire Imputable au Service (CITIS)

Arnaud Villefranque — 2025-04-22T09:23:20Z

Qu'est-ce-que le CITIS ?

LES OBJECTIFS DU CITIS

Protéger le fonctionnaire en cas d'accident ou de maladie imputable au service.
Garantir le maintien du traitement et la prise en charge des frais médicaux.
Assurer un retour à l'emploi adapté ou une sortie du dispositif (retraite, licenciement).

Qui peut bénéficier du CITIS ?

Fonctionnaires territoriaux (titulaires ou stagiaires) affiliés à la CNRACL.
Situations éligibles :

Accident de service : survenu dans l'exercice des fonctions, sans faute personnelle.
Accident de trajet : entre le domicile et le lieu de travail/restauration.
Maladie professionnelle : contractée ou aggravée dans l'exercice des fonctions.

Droits pendant le CITIS

Maintien du traitement :

100 % du traitement indiciaire, indemnité de résidence et supplément familial.
Primes et indemnités : maintenues, sauf celles liées à des sujétions spécifiques, au dépassement du cycle de travail ou au remboursement de frais.

Prise en charge des frais :

Honoraires médicaux et frais directement liés à l'accident/maladie.

Durée :

Pas de durée maximale fixée.
Prolongé jusqu'à la reprise du service, la consolidation/guérison, ou la mise à la retraite/licenciement.

Procédure pour obtenir le CITIS :

Déclaration par l'agent :

Dans les 15 jours pour un accident (service ou trajet).
Dans les 2 ans pour une maladie professionnelle (à partir de la première constatation médicale).

Documents à fournir :

Formulaire précisant les circonstances (fourni par l'employeur sous 48h).
Certificat médical détaillant les lésions et la durée probable d'incapacité.
Toute pièce justificative pertinente.

Instruction par l'employeur :

Délais : 1 mois (accident) ou 2 mois (maladie professionnelle).
Si retard, placement en CITIS provisoire jusqu'à décision définitive.
Imputabilité vérifiée par le médecin du travail ou le Conseil médical.

Décision :

Reconnaissance de l'imputabilité → Placement en CITIS.
Rejet → Possibilité de recours contentieux.

Sortie du CITIS :

Guérison ou consolidation :

Certificat médical final requis.
Reprise des fonctions si apte, ou réaffectation dans un emploi adapté.
Si congé > 12 mois, le poste peut être vacant → réintégration en surnombre possible.

Inaptitude définitive :

Mise à la retraite pour invalidité ou licenciement.
Possibilité d'une allocation temporaire d'invalidité (ATI) si incapacité permanente.
Consolidation sans fin du CITIS :
La consolidation ne met pas automatiquement fin au CITIS si des soins ou arrêts sont encore nécessaires.

Etape	Description
Déclaration : – Formulaire – Certificat médical	Délai : – Accident : 15 jours à compter de la déclaration de l'accident – Maladie professionnelle : dans les deux ans ou vous êtes informé par un certificat médical du lien entre votre activité professionnelle et votre maladie. ATTENTION : quand les lésions sont constatées dans les 2 ans suivant l'accident, le certificat doit être transmis dans les 15 jours suivant cette déclaration.
Instruction par l'autorité territoriale	Délai : – 1 mois à réception de la déclaration – Ce délai peut être augmenté de 3 mois, si une enquête administrative est diligentée ou une expertise avec un médecin agréé est sollicité. L'administration peut faire procéder à tout moment à un examen par un médecin agréé et si le CITIS dure plus de 6 mois, l'administration fait procéder obligatoirement à un examen une fois par an. – Si l'instruction (saisine du comité médical en formation plénière) se poursuit au-delà de ces délais, l'agent est placé en CITIS à titre provisoire.
Décision favorable (décision d'imputabilité au service)	Le fonctionnaire bénéficiaire d'un congé pour invalidité temporaire imputable au service conserve l'intégralité de son traitement jusqu'à ce qu'il soit en état de reprendre son service ou jusqu'à sa mise à la retraite. Article L822-22 du code général de la fonction publique
Décision défavorable (Décision de refus d'imputabilité au service)	La collectivité retire sa décision de placement à titre provisoire en CITIS et demande l'agent le reversement des sommes dues

Voies de recours :

En cas de refus de reconnaissance de l'imputabilité au service d'un congé pour invalidité temporaire imputable au service (CITIS), plusieurs voies de recours sont disponibles.
ATTENTION : les délais sont très courts. Seuls les défenseurs syndicaux et les avocats sont habilités à saisir le tribunal en cas de besoin.

Voir en ligne : Voir la vidéo explicative sur le Congé pour Invalidité Temporaire Imputable au Service (CITIS)

Comment faire reconnaître son syndrome d'épuisement professionnel ou burn-out en maladie professionnelle dans la fonction publique ?

Arnaud Villefranque — 2024-09-05T15:17:19Z

Récemment reconnue dans la fonction publique, le syndrome d'épuisement professionnel ou burn out, peut faire l'objet d'une reconnaissance en maladie professionnelle à la demande de l'agent.
La démarche est souvent très longue. Vous pouvez vous faire accompagner par vos représentants du personnel si vous en ressentez le besoin.

Les spécificités du droit de la fonction publique :

En droit de la fonction publique, pour qu'un épuisement professionnel soit reconnu imputable au service, il doit être essentiellement et directement causé par l'exercice de ses fonctions et entraîner une incapacité permanente à un taux déterminé.

Ce principe est affirmé dans l'article L 822.20 du Code Général de la fonction publique.

« Est présumée imputable au service toute maladie désignée par les tableaux de maladies professionnelles mentionnés aux articles L. 461-1 et suivants du code de la sécurité sociale et contractée dans l'exercice ou à l'occasion de l'exercice par le fonctionnaire de ses fonctions dans les conditions mentionnées à ce tableau. Si une ou plusieurs conditions tenant au délai de prise en charge, à la durée d'exposition ou à la liste limitative des travaux ne sont pas remplies, la maladie telle qu'elle est désignée par un tableau peut être reconnue imputable au service lorsque le fonctionnaire ou ses ayants droit établissent qu'elle est directement causée par l'exercice des fonctions. Peut également être reconnue imputable au service une maladie non désignée dans les tableaux de maladies professionnelles mentionnés aux articles L. 461-1 et suivants du code de la sécurité sociale lorsque le fonctionnaire ou ses ayants droit établissent qu'elle est essentiellement et directement causée par l'exercice des fonctions et qu'elle entraîne une incapacité permanente à un taux déterminé et évalué dans les conditions prévues par décret en Conseil d'Etat. »

Le Conseil d'État a également précisé, de longue date, que la maladie ne doit pas nécessairement être en lien exclusif avec le service pour être reconnue comme maladie professionnelle. Autrement dit, un état préexistant n'empêche pas nécessairement la reconnaissance de la maladie professionnelle.

Cf : Conseil d'État, 3ème - 8ème chambres réunies, 13/03/2019, 407795.

« une maladie contractée par un fonctionnaire, ou son aggravation, doit être regardée comme imputable au service si elle présente un lien direct avec l'exercice des fonctions ou avec des conditions de travail de nature à susciter le développement de la maladie en cause, sauf à ce qu'un fait personnel de l'agent ou toute autre circonstance particulière conduisent à détacher la survenance ou l'aggravation de la maladie du service »

Comment faire une demande de reconnaissance de maladie professionnelle pour un syndrome d'épuisement professionnel ou burn out ?

Le délai :

Le délai maximum pour effectuer une demande de reconnaissance de du syndrome d'épuisement professionnel ou burn out en maladie professionnelle dans la fonction publique et de 2 ans à partir du 1er diagnostic ou arrêt maladie de la pathologie concernée.

La demande de reconnaissance

La demande de reconnaissance doit être adressée à son employeur par le fonctionnaire concerné grâce à un formulaire dédié.
Par la suite, le fonctionnaire pourra être expertisé par un médecin agréé.
Celui-ci devra donner un avis concernant le lien entre la maladie, les conditions de travail et le taux d'incapacité d'écumant de cette maladie.

La transmission au comité médical pour avis

Le dossier sera alors transmis par la suite au comité médical plénier, avec présence des organisations syndicales, pour avis.

Pensez à vous rapprocher des élus des organisations syndicales, si besoin »

Le conseil médical rendant un avis, l'autorité territoriale n'a pas obligation de suivre cet avis.

La décision de l'autorité administrative

La maladie est reconnue comme maladie professionnelle :

Si la maladie est reconnue comme maladie professionnelle imputable au service, le fonctionnaire sera placé en congé pour invalidité temporaire imputable au service (CITIS). [1]
Cela lui permettra de conserver l'intégralité de son traitement jusqu'à ce qu'il soit jugé apte à reprendre ses fonctions.
En revanche, les congés maladie sont limités dans le temps contrairement au CITIS.
Enfin le fonctionnaire dont la maladie professionnelle est reconnue a droit au remboursement des honoraires médicaux et des frais liés à sa maladie.

La demande reconnaissance est rejetée par l'autorité territoriale :

Si la demande est rejetée, dans un premier temps, il est possible d'effectuer un recours gracieux auprès de l'autorité territoriale dans un délai de 2 mois maximum, à compter de la décision de rejet.

Si le recours gracieux est refusé ou que l'on obtient pas de réponse au recours de la part de l'administration, il est possible de saisir le juge administratif dans un délai de 2 mois maximum après la demande de recours gracieux.

Attention, le silence gardé sur un recours gracieux ou hiérarchique pendant deux mois fait naître une décision implicite de rejet. Cette décision implicite de rejet doit être contestée dans un délai de deux mois.

La Syndicat CFDT Interco de l'Aveyron accompagne les agents souhaitant faire reconnaître leur syndrome d'épuisement professionnel ou burn-out en maladie professionnelle.

[1] Congé pour invalidité temporaire imputable au service (Citis) du fonctionnaire.