Nouvelle réglementation sur le report et l’indemnisation des congés annuels dans la fonction publique territoriale
#CONGES ANNUELS
Publié le jeudi 7 août 2025, mis a jour le mercredi 3 septembre 2025
Depuis le 23 juin 2025, le décret n°2025-564 est entré en vigueur pour harmoniser la gestion des congés annuels des agents publics territoriaux avec le droit européen, offrant de nouvelles garanties et règles, détaillées ci-dessous avec références aux textes :
Report des congés annuels pour cause de maladie
L’article 5-1 du décret n°85-1250 du 26 novembre 1985, créé par le décret n°2025-564, prévoit désormais le droit au report des congés annuels non pris suite à un congé pour raison de santé (congé maladie ordinaire – CMO, congé longue maladie – CLM, grave maladie – CGM, longue durée – CLD, accident du travail – CITIS).
Pour en Savoir plus sur les différents types de congés pour raison de santé
- Durée du report : 15 mois à compter de la reprise des fonctions, prolongeable sur autorisation exceptionnelle de l’autorité territoriale.
- Limite : Le report est limité aux droits acquis sur les 4 premières semaines de congé annuel par année de référence.
Report des congés suite à un congé parental ou familial
Conformément à l’article 36 de la loi n°2024-364 du 22 avril 2024 (introduit dans le CGFP) et à l’article 5-1 modifié du décret n°85-1250 :
- Agents concernés : congé de maternité, paternité et accueil de l’enfant, adoption, naissance, présence parentale, proche aidant, solidarité familiale.
- Sans limitation de durée : Ici, tous les congés acquis avant le départ peuvent être reportés (pas de limite des 4 semaines).
- Durée : 15 mois à compter de la reprise, prolongeable sur autorisation exceptionnelle, et au plus tard à la fin de l’année au titre de laquelle le droit à congé est né.
Indemnisation des congés non pris à la fin de la relation de travail
L’article 5-2 du décret n°85-1250 (créé par le décret 2025-564) instaure le droit à indemnisation :
- Conditions : lorsque le fonctionnaire n’a pu prendre ses congés avant la cessation d’activité pour maladie ou absence familiale/parentale, sur les motifs couverts par l’article 5-1.
- Sont visées les fins de contrat pour retraite, mutation, radiation, etc.
- Calcul (arrêté du 21 juin 2025) :
- La rémunération de référence comprend : traitement indiciaire, indemnité de résidence, supplément familial, IFSE, NBI, CTI. Sont exclus : CIA, primes exceptionnelles, indemnités liées à l’organisation du travail, heures supplémentaires, primes de fin d’année, avantages en nature, etc.
- Cas des agents contractuels : Le même régime s’étend désormais à eux (décret n°88-145, art.5 modifié). Les anciennes modalités spécifiques sont supprimées, l’indemnité est soumise aux mêmes retenues que la rémunération habituelle de l’agent.
Modalités d’application et transition :
- Entrée en vigueur : Décret et arrêté applicables à compter du 23 juin 2025.
- Disposition transitoire (art.11 du décret n°2025-564) : Pour les congés dus à une absence parentale/familiale, la règle couvre toute situation où le report était possible pour une absence dont l’échéance est postérieure au 24 avril 2024.